O Couto Magalhães nasceu da idéia de se ter uma escola que atendesse às crianças anapolinas e especialmente aos filhos dos evangélicos. Era o dia 1º de fevereiro de 1932 quando, solenemente, na residência do Dr. Carlos Pereira de Magalhães, se instalou o colégio Couto Magalhães (Nome dado em homenagem ao desbravador, cientista, literato, historiador, poeta, astrônomo, sociólogo, uma das personalidades mais marcantes do 2º Reinado, o mineiro ilustre General José Vieira Couto de Magalhães).

Ao ato estiveram presentes figuras de destaque: Carlos Pereira de Magalhães, idealizador da obra; Gertrudes Pereira de Magalhães, Alice Pereira de Magalhães, Grace Waddel, James Fanstone, Dayse Fanstone, Eliel Martins e Kenette Waddel.

A escola funcionou primeiramente numa casa alugada situada na matriz de Santana. No seu 1º ano de fundação a escola conseguiu 46 alunos matriculados e no dia 15 de fevereiro de 1932 o calendário marcou o 1º dia de aula. Em 1948 assume a direção o Rev. Arthur Wesley Archibald, a quem o Colégio deve tudo sobre a aquisição da propriedade onde até hoje está situada a AEE. Transformou a escola em regime de internato e implantou um novo modelo de escola, preocupada com a formação intelectual e espiritual de seus alunos. Ele permaneceu como diretor e professor até 1957. Dessa época para os dias atuais, várias pessoas ilustres, comprometidas com uma educação séria e de qualidade, tem passado pela direção dessa escola, deixando sua contribuição. De 2000 a 2018, a escola foi dirigida pela Profª. Aélia Cavalcante. Desde 2019, o Prof. Paulo Alberto dos Santos assumiu a direção do colégio. Os resultados de 88 anos de atuação nessa área, tem dado ao colégio a certeza de que vale a pena investir em educação.